公司被税务稽查的原因多种多样，主要包括以下几个方面：

接到举报

公司可能因为偷税漏税、虚开发票等违法行为被举报，税务机关在接到举报后会进行相应的稽查。

发票违规

如果公司的注册地与经营地不符、开票不规律或虚开发票，这些行为都可能被税务机关查核。此外，如果公司的发票进项和销项不一致，或资金往来异常，也可能涉嫌违规。

税务抽查

税务机关会按比例随机抽查企业账目，包括定向抽查和不定向抽查。定向抽查基于特定条件，而不定向抽查则不设定条件。一些税负率控制良好的企业可能会被更多地抽查。

未申报收入

如果公司有未申报的收入，必须立即申报并缴税。未按规定期限缴税者将面临滞纳金等处罚。

风险管理

税务机关会根据高风险纳税人信息分析和税务局安排的稽查任务，对可能存在逃税等违法行为的企业进行针对性的稽查。

系统预警

金税四期系统的应用使得税务稽查更加智能化和高效化。系统通过对企业各项数据的监控和分析，能够及时发现异常情况并发出预警。这些异常情况可能包括税负异常、关联交易、私卡收款、股东长期借款未归还等。

关联企业问题

如果企业在经营过程中与上下游企业存在关联关系，而这些企业被税务稽查并发现问题，那么该企业也有可能被牵连进去。

专项检查和整治

税务机关每年都会确定稽查工作重点，对特定行业或地区进行专项检查和整治。例如，房地产和建安行业、地方商业银行等可能成为重点稽查对象。

财务或经营异常

如果公司的财务或经营情况出现巨大波动，或有重大涉税事项，如巨额亏损、税收减免申请、企业营改增、注销等，这些都可能成为税务稽查的原因。

申报异常

税务部门会根据企业的申报信息进行案头分析，对于数据异常较多的客户会作为稽查对象。例如，反复更正申报、增值税进项发票过高或过低、抵扣了不能抵扣的进项发票、申报个税工资与实际发放工资差距过大等问题都可能导致税务稽查。

综上所述，税务稽查是确保税收合法性和公平性的重要手段，通过稽查可以发现并纠正企业的违法行为，维护国家税收秩序。企业应积极配合税务机关的稽查工作，确保自身合法合规经营。