生物资产评估存在的问题主要包括以下几个方面：

账面价值完整真实性的确认

需要检查企业是否已结转了相应成本，以及结转成本的方法是否正确。

影响因素的周全考虑

评估时需要考虑所有可能影响生物资产价值的因素，包括自然灾害、市场需求变化等。此外，生物资产的评估还需要注意其特殊性，如生长周期性、多样性、地域差异性、提供副产品的特性、附着物不可分割性、双重资产特性以及未来经济利益的不确定性。

生物资产的特殊性

生物资产具有生长周期性、多样性、地域差异性等特点，这些特性使得生物资产的评估变得复杂。例如，獐子岛的扇贝事件就增加了审计和评估的难度。

增值性的评价

生产性生物资产具有自然增值性，这与一般经济资源不同。如何评价这种增值性是生产性生物资产评估的一个难点。

审计和风险评估

由于生物资产的生命周期多变、受自然环境影响较大，公允价值难以确定，使得会计师事务所在审计过程中面临较高风险。例如，獐子岛集团多次发生的扇贝“走失”事件，暴露出审计和风险评估的不足。

信息披露和完善

目前，生物资产的信息披露不够完善，投资者难以获取充分的信息来进行准确的投资决策。此外，行业信息披露的不完善也增加了审计和评估的难度。

专业胜任能力和培训

注册会计师在生物资产审计方面可能存在专业胜任能力不足的问题，需要加强相关培训，提高风险意识和完善审计程序。

准则和研究的不足

目前，生物资产价值评估没有统一、可行的规定，相关研究也较少，这给生物资产企业的经济活动带来不便，也影响了信息使用者的决策。

综上所述，生物资产评估存在多方面的问题，需要从完善准则、加强审计和风险评估、提高信息披露透明度、加强专业培训等多个方面进行改进，以确保评估结果的准确性和合理性。