人员编制审计主要通过以下方法进行：

收集和审阅相关文件

收集编办提供的国家和省规定的机关事业单位机构限额、组织部提供的副科级以上机构名录、正副科级干部花名册等文件。

收集各部门单位“三定”方案中的领导职数、上级批复的干部职数调整通知文件、正副科级干部任免文件、副科级以上干部考核等次名单等资料。

比对和分析

比对编办和组织部提供的机构限额和干部花名册，发现擅自设立机构或超职数配备干部的问题。

分析各部门单位的“三定”方案、工资发放表、列支渠道、年度考核等次名单、全体人员花名册、人员编制卡片等资料，发现混编混岗问题。

自查和整改

掌握超职数配备干部的自查结果，并要求组织部说明原因，以便落实责任。

明确角色分工

在审计项目中，明确每个团队成员的职责和任务，确保工作高效且责任清晰。

资源优化和专业匹配

根据项目的目标和范围，合理安排人员和资源，确保资源优化和专业匹配。

审计流程

机构编制审计工作流程通常包括计划准备阶段、审计实施阶段和审计报告阶段。

多种审计方法

综合运用观察、询问、分析程序、检查、重新计算、函证等多种审计方法，确保审计的全面性和准确性。

通过以上方法，审计人员可以全面、系统地进行人员编制审计，发现并纠正机构编制和人员配备中的问题，确保组织机构的合规性和高效运行。