审计编制机构管理的方法主要包括以下几个方面：

合理确定审计范围

机构编制管理涉及多个单位和部门，若时间和力量允许可以进行全面的审计，否则应合理确定范围进行有重点的抽查审计。抽查审计的重点单位包括直接负责和参与机构编制管理的组织部、编办、人社局、事业单位登记管理局和财政局等管理单位，以及实有人数较多的部门单位如县（市）委办公室、政府办公室、开发区管委会等。

收集和审阅相关资料

收集、审阅和比对编办提供的国家和省规定的机关事业单位机构限额、组织部提供的副科级以上机构名录、正副科级干部花名册等资料，以发现擅自设立机构的问题。

收集、审阅和比对各部门单位“三定”方案中的领导职数、上级批复的干部职数调整通知文件、正副科级干部任免文件、副科级以上干部考核等次名单等资料，以发现超职数配备正副科级领导干部和非领导干部的问题。

关注超职数配备干部问题

根据中央组织部、中央编办、国家公务员局联合印发的《关于严禁超职数配备干部的通知》，了解并掌握超职数配备干部的自查结果，并要求组织部说明原因，以便落实责任。

核实混编混岗问题

收集、审阅和比对各部门单位“三定”方案中的各类人员编制、上级下发的机构编制调整通知、审计期间工资发放表及列支渠道、年度考核等次名单、全体人员花名册、人员编制卡片等资料，以发现混编混岗问题，并重点审计核实新进人员的姓名、现任职务、编制等信息。

建立审计工作制度

建立机构编制审计工作制度，明确责任，规范程序，加强协同联动管理，确保审计工作的有效性和权威性。

发挥审计职能作用

通过审计工作，增强各级领导干部的机构编制责任意识，保障财政供养人员只减不增任务的完成，加强机构编制监督管理和严肃机构编制纪律。

定期报告和督办

建立报告制度，要求各部门单位定期报告机构编制基本情况和工作开展情况。建立督办制度，对需要跟踪落实的决策部署事项进行明确、计划和督办，确保按时完成。

通过以上方法，可以全面、有效地审计编制机构管理，确保机构编制的合规性和合理性。