工程超预算的审计可以通过以下步骤进行：

收集相关资料

收集工程设计文件、合同、变更单、洽商记录、施工日志等相关资料。

审核工程变更单

核实变更单的合法性和合理性，包括是否经过相关部门或业主批准，是否符合工程设计规范和技术标准。

审核施工日志

仔细检查施工日志，以确认实际工程量是否超出清单工程量。

制定审计报告

根据收集的资料和审核结果，明确超出部分的合理性和合法性，以及项目责任方的责任和处理措施。

提出建议和意见

在审计报告中提出具体建议，如要求责任方承担超出部分的费用，或对超出部分进行重新设计和审批。

跟踪处理结果

提交审计报告后，跟踪处理结果，并根据结果进行后续工作。如责任方未履行责任，可采取法律措施维护项目利益。

此外，还可以采用以下审计方法：

看图法：通过查看施工图纸来核实工程量与工程价款，确保工程造价的真实性。

观察法：审计人员亲临现场，实地观察建设项目，验证事实，核实工程量。

制定审计计划：根据项目特点和要求，明确审计的范围、内容和时间节点。

进行预算核算：对施工预算进行详细核算，以发现并解决预算超支和浪费问题。

以上步骤和方法可以帮助审计人员对工程超预算情况进行全面的审计和分析。