在计算企业所得税中的存货成本时，可以依据以下规定进行扣除：

购买价款和相关税费

通过支付现金方式取得的存货，其成本包括购买价款和支付的相关税费。

公允价值和税费

通过支付现金以外的方式取得的存货，其成本为该存货的公允价值和支付的相关税费。

生产性生物资产

生产性生物资产收获的农产品，其成本包括产出或采收过程中发生的材料费、人工费和分摊的间接费用等必要支出。

存货跌价准备

对已售存货计提了存货跌价准备的，应结转已计提的存货跌价准备，冲减当期主营业务成本或其他业务成本。

合理损失

实际处置变质存货过程中发生的合理损失可以在税前申报扣除，但必须按规定程序和要求向主管税务机关申报，并提供相应的证据材料进行确认。

增值税进项税额

因存货盘亏、毁损、报废、被盗等原因不得从增值税销项税额中抵扣的进项税额，可以与存货损失一起在计算应纳税所得额时扣除。

请注意，以上信息基于提供的参考信息，具体操作时应遵循最新的税法规定和会计政策。