审计查合同的方法主要包括以下几个方面：

形式审查

检查合同文件是否完整，包括合同名称、编号、双方当事人、鉴于条款、正文、签署部分（签字盖章和签署时间）。

确认合同内容是否前后一致，是否存在矛盾或错误，例如当事人名称不一致、合同名称与实质内容不符、时间签署前后不一致等。

审查相关文件之间内容是否有矛盾之处，例如附件、补充协议等。

实质审查

审查合同条款是否完备、合法，包括双方名称或姓名和住所、标的、数量、质量、价格、履行期限、地点、付款方式、付款时间、运输方式、订金或定金、赔偿金、违约责任及争议解决方式等。

检查合同内容是否公平，是否严重损害集团公司利益，是否存在重大遗漏或严重隐患、陷阱。

确认合同条款中的经济条款是否明确，例如税点与发票要求、单价与总价是否相符、违约责任等。

合规性审查

审查合同的签订程序是否符合法律法规的要求，双方的权利义务是否明确、对等。

检查合同执行过程中的所有文档，确保所有工作都符合合同条款，没有违规操作。

重点关注工程变更签证的管理，确保变更费用的计算与原合同总价之间的关系清晰，变更费用的处理方式应符合合同约定。

项目完成度审计

审查项目是否按照合同图纸和规范完整执行，确保没有遗漏或未完成的工作项。

结合合同内容、设计图、竣工图、监理单位等审核工程具体实施完成情况，对于没有做或者未全部完成的工作，进行核减，并计算出这部分工作的价值，从合同总价中扣除。

合同变更管理

确保任何变更都经过严格的审批程序，并且要有详细的记录和相关的证明文件。

在固定总价的基础上，针对合同约定的价款调整因素调整，最终核定总价。

合同主体资格审计

审查签约方是否具有合法的经营资格，资信情况进行审查。

检查负责签订合同的单位或个人是否已取得相应的合法授权，是否有无权或超越代理权限订立合同的情形存在。

合同履行情况审计

对比合同约定的履行期限、地点、方式与实际履行情况是否一致。

检查合同条款中的违约责任条款是否得到了实际执行。

通过上述方法，审计人员可以全面、系统地审查合同的合法性、合规性、完整性及履行情况，从而发现潜在的风险和问题，提出有效的审计建议和改进措施。