税务不允许开具差额发票的原因主要有以下几点：

政策限制

国家文件明确规定不允许差额征税的情况，自然就是全额征税。

某些政策不允许差额部分开具增值税专用发票，因此只能采用全额开具普通发票、差额部分开具普通发票或差额开票方式开具发票。

抵扣管理

差额征税的初衷是为了避免重复征税，通过销售价减去购买价的差额来计算增值税。但这种计算方式不便于征收管理，因此税务机关更倾向于采用全额征税的方式。

差额部分不得开具增值税专用发票，是因为这部分税款不允许下一环节抵扣，从而避免抵扣链条中断和重复抵扣的问题。

公平性考虑

在营改增之前，金融商品转让的公司无法获得相应的增值税专用发票，导致没有增值税进项税额。如果允许开具差额专用发票，会造成计税只有销项没有进项，对企业不公平。

征收简便性

全额开具增值税发票更便于税务机关进行征收和管理，避免了差额计算和抵扣的复杂性。

综上所述，税务不允许开具差额发票主要是基于政策限制、抵扣管理的便利性以及公平性考虑。在实际操作中，纳税人需要遵循相关税收政策，选择合适的开票方式以确保合规性和减轻税收负担。