施工单位进行成本审计的方法可以总结如下：

财务数据采集和图表分析

利用AO审计系统采集财务数据，并通过图表功能对施工成本（如设计成本、材料人工成本）进行按月发生额汇总，形成柱状图。

根据图形分析确定变动较大的月份，并对这些月份的数据进行详细审查。若数据量较大，可以确定筛选金额范围，并从AO中导出筛选数据，进行分类汇总，确定重点深入审查。

利用SQL进行分类汇总

通过SQL语句对财务数据进行分析，例如使用`SELECT Sum（借方金额） as 金额， 会计月份 FROM [设计公司2004年设计成本] GROUP BY 会计月份 ORDER BY Sum（借方金额） desc`来查询和分析数据。

全面审计法

按照国家或行业建筑工程预算定额的编制顺序或施工的先后顺序，逐一审查全部项目。这种方法全面细致，差错较少，质量高，但工作量大，适用于工程量小、工艺简单或造价编制单位技术力量薄弱的情况。

标准图审计法

对于利用标准图纸或通过图纸施工的工程项目，先集中审计力量编制标准预算或决算造价，以此为标准进行对比审计。适用于按标准图纸设计或施工的工程，适用范围小。

分组计算审计法

将分项工程划分为若干组，审计计算同一组中某个分项工程量，利用工程量间具有相同或相似计算基础的关系，判断同组中其他几个分项工程量。这种方法可以提高审计效率。

对比审计法

将已经进行审计的工程造价和拟审计的类似工程项目造价进行对比审计，建立在客观条件与各自差异性基础上。

筛选审计法和重点抽查审计法

对施工成本明细表进行筛选，确定审查重点后开展详细审计，并根据疑点进行筛选。同时，可以结合重点抽查法，对特定部分进行深入审查。

分析性复核

对利润表、工程结算成本明细表等进行审计，确认报表数、总账数、明细账数相符一致，并披露工程结算成本是否在利润表上被恰当的披露。

详细审查各项费用

审查人工费、材料费、机械费、间接费等各项费用，确认其真实性和完整性，并核对合同规定。

内部控制制度审计

审查项目部的内部控制系统，包括费用报销、材料采购、合同管理等方面，确保内部控制有效，防止浪费和违规行为。

通过以上方法，施工单位可以更有效地进行成本审计，确保成本数据的准确性和可靠性，从而提高企业的经济效益和财务管理水平。