审计员发函的方式主要有以下几种：

邮寄方式

审计员在核实被审计单位提供的被询证方联系方式后，应独立寄发询证函，确保回函直接寄到审计人员所在会计师事务所的办公地址。邮寄时应避免询证函被拦截或篡改，例如，可以直接在邮局投递或使用独立的快递公司，而不应由被审计单位人员代发。

跟函方式

审计员可以亲自将询证函送交被询证者，并在被询证者核对并确认回函后，亲自将回函带回。这种方式适用于审计员认为能够获取更可靠信息的情况。

电子形式函证

包括传真、电子邮件和直接访问网站等方式。这种方式具有便捷性，但需确保电子函证的安全性和可靠性。

在发函过程中，审计员还需注意以下几点：

函证的内容应包括被审计单位的账面金额、对方账面金额、核对截止日期等信息，并留有联系方式以便对方回复。

函证应遵循中国注册会计师执业准则和财政部、中国人民银行的相关规定。

函证样本应包含必要的信息，如企业询证函编号、发函单位、收件人、发函日期等，以便对方核对并回复。

通过以上方式，审计员可以有效地进行函证，以获取充分、适当的审计证据。