结算审计时，税金的扣减通常遵循以下步骤：

1. 确定结算审核的审定除税价格（A）。

2. 根据已开进度款发票对应的除税价格（C），计算出剩余未开票部分的除税价格（D）。

3. 将D乘以适用的税率，得到剩余增值税的金额。

4. 从审定除税价格（A）中扣除已开票部分的税金，即扣除C乘以税率的结果。

5. 剩余的价格（A - C）就是未开票部分的除税价格，也是剩余增值税的计费基数。

例如，如果一个工程项目为一般计税项目，合同约定的含税价款为10900万元，税率为9%，并且工程结算审计费由乙方承担，则在结算时：

首先计算不含税价格：\（10900万元 \div （1 + 9\%） = 10000万元\）

然后计算应扣除的税金：\（10000万元 \times 9\% = 900万元\）

最后从总合同价款中扣除已支付的款项和应扣除的税金，得到乙方应收到的款项。

请注意，以上步骤和计算仅为一般性说明，具体操作可能因合同条款和当地税务规定而有所不同。在实际操作中，应遵循当地税法和合同的具体约定。