自然资源审计可以通过以下方式进行：

审计+模式

实施自然资源资产项目“研究型”立项，将领导干部任职期间的生态环境保护与推动区域经济高质量发展作为审计主线。

采用“自然资源资产审计+经济责任审计”相结合的方式，科学制定审计项目计划。

解剖麻雀式调查

开展自然资源资产项目“研究型”调研，深入研究党中央、国务院重大战略谋划、政策要求以及审计对象的历史沿革和业务背景。

主动与相关部门开展座谈，细化被审计单位的自然资源资产管理职能清单、权责清单和任务清单，评估管理薄弱点，快速找准审计“切入点”。

挂图作战

利用审计调查成果，沿着“政治-政策-项目-资金”路径研究谋划审计重点。

选择有针对性的审计方法、组织方式，根据审计组人员特点进行科学分工，明确“时间表”和“路线图”，倒排工期，保证完成审计任务。

深入挖掘

促进自然资源资产项目“研究型”成果开发，通过审计调查成果，选择有针对性的审计方法和组织方式，确保审计工作的高效和精准。

数据分析与对比

加强对审计信息数据的分析、对比和梳理能力，根据审前调查确定审计工作方案和实施方案的审计内容和重点。

结合实际情况，通过对自然资源资产相关数据进行分析、对比，掌握被审计单位自然资源资产管理和生态环境保护的总体情况，把握审计重点。

专业知识学习

加强学习相关专业知识，通过查阅被审计单位提供的法规、制度等资料，学习相关专业知识和法律法规，准确分析，确定审计疑点，做到定性准确、依据充分、应用法律法规适当。

实地调查

加强实地调查，客观反映项目情况，根据分析确定的审计重点和疑点，由远及近、一线多点的顺序依次核实、取证，最大限度地节约工作时间，提高审计效率。

在实地调查过程中，要及时做好记录，收集与问题相关的佐证资料。

提出合理化建议

审计结束后，针对审计查出问题，结合被审计单位的业务职能，认真分析原因，合理评价，重点界定政府、相关主管部门和企事业单位履行资源管理和环境保护等方面的责任，提出具有操作性的合理化建议。

审计目标与对象

确定审计目标，从乡镇领导干部任职前后自然资源实物量及生态环境变化入手，以查处重大违规违纪和损毁资源、破坏生态环境等重大典型问题以及促进完善自然资源资产管理为审计导向。

审计对象包括乡镇党委政府主要领导干部，形成全覆盖审计监督格局，将涉及自然资源资产管理、生态环境保护相关的管理部门和基层单位纳入审计监督范围。

审计内容与重点

审计内容可以分为四类：自然资源的实物量和价值量，相关环保政策法规的执行和落实情况，自然资源和生态环境的保护，以及自然资源保护和环境管理过程中的资金管理和使用情况。

通过以上方式，审计机关可以全面、客观、公正地审查自然资源资产的管理和保护情况，促进生态文明建设，保障自然资源的可持续利用。