科学仪器专项的审计可以按照以下步骤进行：

审前调查

对大型科研仪器设备的总体情况进行摸底，包括设备持有情况、管理机制及运行情况、使用绩效考核情况等。

科学抽样

确定审计范围，秉持客观性、谨慎性、重要性原则，客观认识高校大型科研仪器设备的管理使用情况。

审计策略

先外后内，评估风险，通过公共信息平台查询、询问相关人员、查阅历史资料等手段，收集被审计项目承担单位、合作单位和项目负责人的基本情况。

先虚后实，把握大局，检查内控制度的建立与执行情况，发现内控的薄弱环节和关键点，确定审计抽查的广度与深度。

先总后分，确定重点，分析任务考核指标完成率、经费预算完成率与支出结构的偏差度等。

先支后估，合理合规，审核确认实际发生的支出，评估预计支出的必要性和额度合理性。

审计程序

了解被审计单位及科技项目的基本情况，包括科技人员人数、研究方向、课题、专利等。

审查被审计单位是否专户管理、专户存储，确保科技项目经费单独设置账页核算、实行专户管理。

审查有无转移科技项目经费，确保经费使用符合规定，无虚开发票套现问题。

审查有无改变经费用途和开支标准，对照科技项目合同书及决算表，详细审查专项应付款科目核算内容。

审计工作流程

对承担单位的管理风险进行评价，确定审计重点和范围。

按照审计策略和程序进行实地审计和资料审查，收集审计证据。

编制审计报告，对审计中发现的问题提出整改意见和建议。

通过以上步骤，可以全面、系统地对科学仪器专项进行审计，确保经费使用的合规性和效益性。