撤销工程审计报告的方法如下：

由授权单位重新出具

如果审计报告是由授权单位查出的，可以直接要求该单位重新出具新的审计报告。

通报财政机关并公告

如果审计报告是由审计机关查出的，应当通报给同级财政机关进行处理处罚，并在告知后可以发布公告信息。

通过注册会计师协会处理

如果审计报告是由第三方提起的，需要通过同级或上一级注册会计师协会调查处理。

收回正本并宣告作废

原则上，审计报告一旦出具并备案，就无法撤回。但如果报告涉及欺诈或其他违法行为，可以尝试撤回。具体操作步骤包括：

收回之前出具的审计报告正本。

在网上宣告该报告作废。

在省注协报备的审计报告文号给作废。

向监管机构申请撤回

如果需要撤回报告，必须向监管机构提出撤回申请，并附上相关证明文件。监管机构会审核并决定是否允许撤回。在撤回前，还应向社会公众公开通报，及时公布撤回情况。

建议在具体操作前，先咨询相关监管机构或专业律师，以确保按照正确的程序和要求进行撤销。