企业被税务协查的原因主要有以下几点：

被上下游企业牵连

企业在与上下游企业合作时，如果对方存在违法或失联情况，可能会受到税务部门的协查。

金税系统大数据分析异常

金税系统通过大数据分析，发现企业收入费用结构存在异常，如燃料费用、人工费用和过路过桥费用比例过高或过低，会触发预警。

双随机一公开抽查

税务部门通过双随机一公开的方式，随机抽取企业进行抽查。重点税源企业被抽查的比例较高，其他企业则较低。

被举报

企业可能因为内部人员、外部竞争对手或企业主的仇人等举报而被税务部门稽查。

税局组织的全行业筛查

税务部门会定期对全行业进行筛查，要求异常企业提供相关的财务税务资料。

企业自身原因

企业自身财务数据、纳税申报、发票使用等方面存在问题，如数据口径不一致、享受纳税优惠政策异常等。

外部原因

涉及上下游企业的涉税问题、涉税案件等，企业可能因此受到牵连。

税务原因

企业的税务数据触发税务风险红线，如税负率偏离行业平均水平、财务数据异常等。

随机检查

税务部门会不定期对管理的纳税人进行随机抽查，发现问题后进行税务稽查。

协助调查

如果企业的上游或下游企业出现问题，企业作为关联方可能会被牵涉进调查。

综上所述，企业被税务协查的原因多种多样，企业主和财务人员应当加强内部管理，确保合规操作，避免因上述原因被税务部门稽查。