上海理科最好的二本大学包括：

上海海关学院

上海对外经贸大学

上海金融学院

上海中医药大学

上海海事大学

上海立信会计学院

上海师范大学

上海商学院

建议：

上海海关学院在多个排名中均位居第一，显示出其在理科领域的较强实力。

上海对外经贸大学和 上海金融学院也是理科生较为青睐的学校。

上海中医药大学在中医药领域具有明显优势。

上海海事大学在海洋科学和航运等方面有较强实力。

上海立信会计学院在会计学专业方面较为知名。

这些学校在上海乃至全国都有较高的知名度和学术实力，可以根据个人兴趣和职业规划，选择最适合自己的学校。