儿童医疗保险的扣费时间主要根据是否首次参加保险以及申请时间而定，具体如下：

首次参保

扣费时间为每年9月20日至10月30日，社保机构通过银行统一收取费用。

已参保儿童

扣费时间为每年9月20日至9月30日，社保机构通过银行收取费用。

注意事项

如果被保险儿童在当年9月30日之前没有领取儿童医疗保险费，系统将自动停止保险。

首次参保的话，建议提前办理并确保银行账户状态正常且余额充足，以便及时扣费。

综上所述，儿童医疗保险的扣费时间一般为每年的9月20日至9月30日，具体时间以当地规定为准。建议家长在这个时间段内确保账户余额充足，以便顺利扣费并维持保险效力。