企业被税务稽查的原因多种多样，主要包括以下几方面：

被举报：

企业可能因为偷税漏税、虚开发票等违法行为被举报。举报源可能来自竞争对手、内部员工或其他知情人。

虚开发票：

如果企业的注册地与经营地不符、开票不规律、公司资金往来异常、发票流与资金流、货物流不一致等，这些都可能是虚开发票的迹象。

纳税评估：

企业的税负率严重低于同行业平均水平、总是零申报、长期亏损但一直存续，这些情况会被税务部门视为有问题，从而被稽查。

专项检查：

税务局会进行一些专项检查，例如增值税抵扣专项、个人所得税专项等，以检查企业是否存在违规操作。

协助调查：

如果企业的上游或下游企业出现税务问题，企业作为合作伙伴也可能被牵扯进调查。

被系统预警：

税务局通过系统分析企业的涉税数据，发现经营异常的企业会被纳入异常企业数据库，从而增加被稽查的概率。

被随机抽查：

税务稽查系统会随机抽取企业进行检查，类似于摇号抽奖。

申报异常：

企业在税务系统申报的销售额、防伪税控中开票销售额以及财务申报表中销售额不一致，或者连续几个月出现零税负申报，这些情况容易被列为风险纳税人。

税负异常波动：

企业税负率变动异常，长期低于同行业水平，可能成为税务局的重点关注对象。

发票数据异常：

企业的增值税发票增量与往期使用情况存在异常，或者新注册的企业税负低且大量领用增值税专用发票，也容易成为被税务约谈的导火索。

员工与经营场地不匹配：

公司员工数量多，经营地方大，但收入不匹配，税务局也会对企业产生怀疑。

工资避税嫌疑：

如果企业员工长期工资低于一定标准，尤其是中高端人才较多的企业，员工的平均工资低，会被税务认为存在规避个人所得税。

综上所述，企业被税务稽查的原因多种多样，企业应规范管理，确保账目清晰，及时申报纳税，避免因违规行为而被查。同时，企业也应关注内部员工的举报和税务系统的数据分析，及时发现并纠正问题，以降低被稽查的风险。