特岗教师在三年服务期未满时辞职，会面临以下后果：

档案记录：

辞职会在档案中留下记录，这可能会影响未来的求职过程，尤其是在报考事业单位和公务员时，可能会受到一定限制或禁止。

违约金：

根据合同约定，特岗教师可能需要支付违约金。具体金额和条款需参考合同规定。

法律责任：

如果未提前30天提出离职而直接提交辞职信，可能会被视为违约行为，需要承担相应的法律责任，包括赔偿用人单位的直接经济损失和招聘费用。

服务期限制：

部分地方规定，特岗教师在服务期内辞职可能会面临三年不得参与统一组织的中小学、幼儿园教师招聘考试的限制。

诚信档案：

辞职记录可能会被记入诚信档案，对个人信誉产生不良影响。

其他影响：

辞职还可能影响职称评定、工资津贴、绩效奖励、各类补贴补助、社会保障、公积金缴存、评先评优、年度考核、参加培训等方面。

综上所述，特岗教师在三年服务期未满时辞职，需要慎重考虑并了解相关后果。建议提前与所在单位沟通，了解具体政策和合同条款，以便做出明智的决策。