工程审计费用的承担方式主要依据合同约定和相关法律法规来确定，以下是一些常见的情况和规定：

建设单位支付

工程审计费用一般由建设单位支付，这是最常见的做法。

如果建设单位是融资项目，则可能由融资者支付审计费用。

投资者支付

在某些情况下，审计费用也可能由其他投资者支付。

监管机构或政府机构支付

审计费用有时也可能由监管机构或政府机构承担。

合同约定

审计费用的承担方式通常在招标委托书中由双方约定，可以明确由委托方、代理机构或中标人承担。

审计单位与业主一般是按结算造价的比例支付审计费用，这个比例根据项目不同而有所差异，可以是2%或3%。

如果工程结算审计是由国家审计机关进行，则不需要支付审计费。

法律依据

根据《中华人民共和国民法典》第九百二十八条，受托人（审计单位）完成委托事务后，委托人（建设单位）应当按照约定支付报酬。

《审计法》及相关规定也指出，审计机关执行审计任务的经费由本级人民政府保障，而具体的工程项目审计费用承担方式则依据合同约定。

建议

明确约定：在签订工程合同时，应明确约定审计费用的承担方和支付方式，以避免后续纠纷。

参考标准：如果合同中没有明确约定，可以参照国家指导价或行业惯例来确定审计费用的承担方式。

法律咨询：在实际操作中，建议咨询专业律师或审计机构，以确保审计费用的承担符合相关法律法规的要求。