昆山的二本学校包括：

昆山杜克大学：

昆山杜克大学是一所由美国杜克大学和中国武汉大学合作创办的非营利性中美合办高校，位于江苏省苏州市昆山市，是一所具有独立法人地位的综合性研究型大学。

苏州大学应用技术学院：

该学院成立于1997年，是苏州大学的二级学院，前身为苏州大学职业技术学院。2002年改为公有民办二级学院，2003年正式更名为苏州大学应用技术学院。

硅湖职业技术学院：

硅湖职业技术学院是由著名教育家、建筑学家、美籍华人梁顺才博士于1998年创办，是经江苏省政府批准、教育部备案、计划内招生的全日制普通高校，是江苏省创办最早的民办高校之一。

建议：

昆山杜克大学和 苏州大学应用技术学院都是本科学校，但昆山杜克大学是中外合作办学，且为非营利性机构，具有较高的学术水平和国际化特色。

硅湖职业技术学院是一所民办高职院校，虽然属于专科层次，但在某些方面也具有其特色和优势。

请根据个人兴趣、学术目标和职业规划，综合考虑这些学校的特点和优势，选择最适合自己的学校。