自动化工程师可以选择以下学校进行深造：

清华大学：

清华大学在自动化专业中排名第一，拥有雄厚的师资力量和先进的实验设备。该校的自动化专业课程设置全面，涵盖了自动控制、机器人技术、工业自动化等领域，培养学生具备扎实的理论基础和实践能力。

上海交通大学：

上海交通大学在自动化专业的培养上强调理论与实践的结合，通过与行业的深入合作，学生可以参与到实际的项目中，提升动手能力的同时，增强了就业竞争力。学校在智能制造和机器人研究方面也拥有显著的成果。

哈尔滨工业大学：

哈尔滨工业大学在自动化控制领域具有深厚的学术根基，拥有完善的实验室设施以及重视科研与创新，培养了一大批优秀的自动化工程师，尤其在机器人与无人驾驶技术的研究中取得了突出的成绩。

华中科技大学：

作为一所以工科见长的综合性大学，华中科技大学的自动化专业致力于培养多元化的人才。其在自动化技术与信息技术结合方面的研究成就备受瞩目，尤其是在智能系统与工业互联网方面。

北京理工大学：

北京理工大学在自动化专业方面也有很高的声誉，其自动化学院在自动化系统与控制工程、机器人技术与智能系统等方面有着深厚的学术积淀。

浙江大学：

浙江大学的自动化学院在自动化科学与技术领域具有很高的学术声誉，该校的自动化专业设有多个研究方向，包括自动化系统与控制、智能机器人与自动化装备等。

北京航空航天大学：

北京航空航天大学自动化科学与电气工程学院是国内自动化领域的重要学府之一，该校的自动化专业拥有一流的师资队伍和实验设备，课程设置全面，涵盖了自动控制、机器人技术、智能系统等方面的知识。

中国科学技术大学：

中国科学技术大学的自动化学院在控制科学与工程、人工智能等领域有较强的研究实力，自动化专业也颇受好评。

复旦大学：

复旦大学在自动化专业方面也有很好的表现，尤其是在控制理论与控制工程方面。

南京大学：

南京大学在自动化专业方面同样表现出色，拥有优秀的师资力量和科研实力。

这些学校都是在自动化领域具有较高声誉和学术实力的院校，选择其中任意一所进行深造，都有望成为优秀的自动化工程师。建议根据个人兴趣、研究方向和职业规划，综合考虑这些学校的优势和特色，选择最适合自己的学校。