面对工程审计公司，可以从以下几个方面进行应对：

积极配合审计工作

被审计单位：应当积极配合工程审计单位的工作，确保审计资料准备齐全，不要怕麻烦。审计过程中发现的问题越多，说明工作可能没有做到位，这也是一个纠正错误的好机会。

客观合理编制工程结算

施工单位：如果工程造价审减额较大，说明企业可能存在高估冒算的现象。施工单位应当客观合理地编制工程结算，确保结算金额的真实性和准确性。

选择合适的纠纷解决方式

合同当事人：可以选择和解、调解、仲裁或诉讼等纠纷解决方式。和解是通过协商达成一致；调解是通过第三方介入协助解决纠纷；仲裁是通过仲裁机构进行裁决；诉讼是通过法院进行法律诉讼。

审计活动当事人：首先确认审计活动中各方的行政法主体资格。在行政法制监督关系中，被审计单位是行政主体，可得的救济权利和救济方式是申请行政复议；行政机关以外的金融机构、企事业单位作为被审计单位，是行政相对人，救济方式是行政复议或行政诉讼。

联合会计师事务所进行审计

业务量大的审计单位：可以考虑联合会计师事务所有限公司一起进行审计，以化解风险，提高审计的效率和准确性。

确保审计的独立性和公正性

被审计单位：应当确保审计过程的独立性和公正性，避免任何可能影响审计结果客观性的干预。同时，对于审计中发现的问题，应当认真对待并进行整改。

通过以上措施，可以有效应对工程审计公司，确保审计工作的顺利进行和审计结果的客观公正。