新疆二本大学的院校代码如下：

1. 新疆大学：6501

2. 石河子大学：6502

3. 新疆农业大学：6503

4. 塔里木农垦大学：6504

5. 新疆医科大学：6505

6. 新疆师范大学：6506

7. 昌吉学院：6507

8. 喀什师范学院：6508

9. 伊犁师范学院：6509

10. 新疆财经学院：6510

11. 新疆艺术学院：6511

12. 新疆工业高等专科学校：6512

13. 新疆维吾尔医学专科学校：6513

14. 和田师范专科学校：6514

15. 新疆警官高等专科学校：6515

16. 乌鲁木齐职业大学：未提供代码

建议：

院校代码可能会有变动，建议考生在填报志愿前，通过官方渠道或相关考试院发布的最新信息进行确认。

新疆高考志愿院校代码和专业代码查询相关文章仅供参考，最终代码以官方公布为准。