工程审计的取费方式通常包括以下几个方面：

基本审计费

按单项工程总投资额计取，无论是否有审减（增）额都需支付，属于保底费用。

基本审计费的比例一般在0.1%到0.3%之间，具体比例根据工程的规模、复杂程度等因素确定。

效益审计费

按审减额计取，具体比例如下：

项目建设审定总额5%（不含5%）以上的部分，按照审减额的5%计算提取。

审减额5%（含5%）以内的部分，不再提取审计费用。

追加收费

一般定为中价机构审减金额的4%到9%左右。

如果工程结算审计中各项核增、核减金额相抵后最终差额不超过5%，则咨询服务费由委托单位支付；超过5%的部分，超过部分由原工程造价编制单位支付。

其他费用

对于设计阶段的服务，如初步设计或施工图设计，可以按照设计工作量的一定比例计算收费，通常在1.1的系数基础上计算。

对于技术服务工作，如规划调查、询价、报价、对外谈判等，可以按直接生产人员工日计算收费，每工日85元。

建议

明确审计范围：在确定审计取费前，应明确审计的具体范围和内容，包括是否包含效益审计、审减额的计算方法等。

协商确定：审计费用的最终确定应通过甲乙双方协商，确保双方对费用计算方式和金额达成一致。

参考行业标准：可以参考国家和地方的相关行业标准和指导价，以确保审计费用的合理性和透明性。

注意合同条款：在签订审计合同时，应明确审计费用的支付方式、支付时间节点等关键条款，避免后期纠纷。

这些取费方式和标准有助于确保工程审计的顺利进行和费用的合理控制。