甲方管理审计单位的方法可以总结如下：

审预决算员职责

负责所有甲审计项目的日常管理，推动及提供协助，以提高审计效率。

对各审计阶段每天进行跟进，督促及检查各项目审计相关资料准备是否充分，是否按规定时间送审。

及时了解掌握审计项目各阶段逾期原因，包括内部原因和外部原因，尤其疑难项目，挖掘深层信息，寻求支持及采取相应措施。

视情形及时提供包括套定额结算等必要的协助，提供项目审计相关指导、培训及有关答疑等。

若超出能力解决范围，反馈其上一级管理层寻求支援，并持续保持沟通，随时掌握最新进展。

维护审计项目信息表，并定期更新，包括送审金额、定案金额、竣工日期、送审日期、定案表日期、审计项目类别、审计阶段、逾期原因、疑难详情等信息。

每三个月将更新后的《审计项目信息表》发至应收管理小组成员。

参加应收专题会议，报告项目审计进展情况，反馈存在的疑难问题，进行会议讨论，拿出解决方案。

项目经理职责

依据验收报告单日期作为竣工日，在10个工作日内与送审相关的竣工验收资料准备齐全，转交销售经理。

与送审相关的竣工验收资料需包括工程结算清单、竣工图纸、签证单、竣工验收报告，此外，根据甲方要求需提供其他资料。

对于需要审提供做定额（软件）结算清单等协助的，与审预决算员沟通，提供该项目施工过程中的相关资料。

通过以上方法，甲方可以有效地管理审计单位，确保审计项目的顺利进行和按时完成。