在中医系最好的二本大学中，以下是一些值得推荐的学校：

北京中医药大学：

北京中医药大学是全国最好的中医药大学之一，高居全国第101名，排行第4名。

首都医科大学：

首都医科大学在全国排名第69名，是北京市重点支持的医药类高校。

中国药科大学：

中国药科大学在全国排名第100名，位列第3名。

河北中医学院：

河北中医学院在2024年二本中医药院校中表现较好，是河北省唯一一所高等中医药本科院校。

云南中医药大学：

云南中医药大学位于云南省昆明市，环境优美，气候宜人，是西部地区实力不错的中医药院校。

贵州中医药大学：

贵州中医药大学在贵州省内的就业率较高，师资力量和教学水平都较好。

安徽中医药大学：

安徽中医药大学在安徽省内的认可度较高，考研氛围较浓。

山西中医药大学：

山西中医药大学在山西省内的就业率较高，学风正，老师认真负责。

山东第一医科大学：

山东第一医科大学在山东省内的知名度和认可度较高，是一所值得推荐的中医药大学。

福建中医药大学：

福建中医药大学在福建省内的就业前景良好，拥有丰富的实习基地。

这些大学在中医系方面都有各自的优势和特色，建议根据个人兴趣、地域偏好和职业规划等因素进行选择。