工程总承包的审计可以从以下几个阶段进行：

项目前期阶段

合同与招投标审计：

审查总承包合同中的条款是否明确、合法、公平，特别是关于工程质量、进度、造价、变更、索赔等方面的约定。

确保招投标活动遵循公开、公平、公正的原则，检查招标文件、投标文件的合规性，以及评标过程的公正性。

对项目的市场环境、技术难度、资金状况等进行综合评估，识别潜在风险并提出防范措施。

设计阶段

设计文件审查：

检查设计文件是否符合国家规范和行业标准，设计深度是否满足施工要求。

概算审计：

对初步设计概算进行审查，确保其合理性和准确性，避免超概现象的发生。

设计优化建议：

结合工程实际情况，提出设计优化建议，降低工程成本，提高经济效益。

采购阶段

供应商管理与价格审核：

加强供应商管理，确保供应商的资质和信誉符合要求。

审核采购价格，防止价格虚高，确保采购成本控制在合理范围内。

施工阶段

现场管理与变更控制：

对施工现场进行定期检查，确保施工质量和进度符合合同要求。

严格控制工程变更，确保变更过程合规，防止随意变更导致成本增加。

材料和设备质量监控：

对材料和设备的质量进行严格监控，防止使用劣质材料，确保工程质量。

财务审计

财务报表审计：

对项目的财务报表进行审计，确保其真实、合法和完整。

识别和评估重大错报风险，并实施相应的审计程序。

造价审计：

对项目的造价进行审计，确保造价的合理性和准确性。

采用全面审计法或标准图审计法，对工程量进行详细核算。

合同履行与风险管理

合同履行审计：

审查合同的履行情况，确保合同条款得到有效执行。

对合同变更、终止等进行审计，确保变更过程合规，防止纠纷发生。

风险管理审计：

评估项目中的各类风险，并提出相应的风险管理措施。

审查项目管理制度和规范，确保项目管理的规范性和有效性。

通过以上各个阶段的审计，可以全面确保工程总承包项目的合规性、经济性和效益性，从而保障项目的顺利实施和完成。