被损毁工程的审计流程可以参照一般工程审计的步骤，并根据损毁情况的具体需求进行调整。以下是一个可能的审计流程：

资料收集与审前调查

接收并登记审计资料，进行初步调查。

对被损毁工程的相关资料进行详细审查，包括设计图纸、施工记录、损坏报告等。

审计准备

主审制定审计方案，明确审计目标和范围。

草拟审计通知书，并由分管局长签发。

审计实施

熟悉审计资料：发放相关图纸和资料给各专业工程师，熟悉了解，提出并记录问题，撰写评审意见。

现场踏勘：邀请相关单位（如委托单位、设计单位、施工方等）进行实地踏勘，检查工程现场的管理、质量、进度、安全情况，并核实资料的一致性和有效性。

全面审核：对工作内容和对象进行全面审核，特别是损毁部分的原因、影响及修复方案。

形成初步审计文件：根据审计结果，形成初步审计文件，并听取相关单位的意见。

审计结案

修改初步审计文件，上报领导审批。

出具决算审计终稿，包括审计报告和审计决定。

填写审计报告反馈意见说明书，编写正式审计报告和审计决定。

递交法制部门复核，确保审计工作的合规性。

后续跟踪

对审计中发现的问题进行跟踪，确保整改措施得到有效执行。

定期进行后续审计，验证整改效果。

请注意，以上流程仅供参考，具体审计流程可能会根据工程的实际情况和审计要求有所调整。在实际操作中，审计人员应根据具体情况进行灵活调整，并确保审计工作的质量和效率。