南京高新企业的申请流程如下：

自我评价

企业对照《高新技术企业认定管理办法》第十一条进行自我评价，主要从知识产权、科技成果转化能力、研究开发组织管理水平、企业成长性等方面判断自身是否符合高新技术企业的认定条件。

注册登录

企业通过“高新技术企业认定管理工作网”或“科学技术部政务服务平台”，点击“用户登录”并完成实名认证后登录“高新技术企业认定管理系统”。若企业尚未注册，则点击“注册”，进行注册登记，并选择“南京市科学技术局”作为注册机构提交。注册信息通过审核后进行登录。

提交申请

企业登录“高新技术企业认定管理系统”，进入企业申报系统，按要求填写《高新技术企业认定申请书》，并按要求提供附件材料（须原件扫描），通过网络提交材料至所属地区科技部门（南京市科学技术局）。企业主要负责人须认真检查填写与上传的申报材料，确保材料真实有效、清晰完整、签字盖章齐全。根据相关要求，高新技术企业申报材料中的营业执照等企业注册登记证件和专利证书等企业知识产权证件实行告知承诺制，企业可自主选择是否适用告知承诺制办理。选择适用告知承诺制办理的，按要求签署《证明事项告知承诺书》并上传；不选择适用告知承诺制的，应当按规定提供有关事项需要的证明材料。

地方审核

认定机构收到企业申报材料后，从专家库中抽取至少5名评审专家（其中技术专家不少于60%，并至少有1名财务专家）组成专家组，进行审查。认定机构根据专家组评审意见，对申请企业申报材料进行综合评审（可视情况对部分企业进行实地核查），提出认定企业名单，报领导小组备案，报送时间不得晚于每年11月底。

公示与报备

经认定报备的企业名单，经过公示10个工作日等。

建议企业在申请过程中确保所有材料的真实性和完整性，并提前准备好所有必要的附件材料。同时，企业应关注相关政策的更新和变化，以确保申报流程顺利进行。