在企业注销时，自然人股东需要根据《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定缴纳个人所得税。具体来说：

1. 如果企业按照《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕60号）规定进行清算，股东分得的剩余资产在扣除投资成本后的余额，应按照“利息、股息、红利所得”项目计算征收个人所得税。

2. 如果企业注销税务登记时未进行清算或无法取得清算所得的相关信息，那么应以企业期末留存收益和资本公积之和，按照股东所占股份比例计算的部分确认为应纳税所得额，并据此计算征收“利息、股息、红利所得”项目的个人所得税。

3. 被清算企业的股东分得的剩余资产中，相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得。

4. 剩余资产减除股息所得后的余额，如果超过或低于股东的投资成本，那么超过部分应确认为股东的投资转让所得，而低于部分则可能确认为损失。

5. 按照《个人所得税法》的规定，利息、股息、红利所得适用20%的比例税率。

因此，注销股息的个人所得税应按照上述规定进行计算和缴纳。需要注意的是，税法的具体解释和实施可能会随着时间和地区的不同而有所变化，建议在处理具体税务问题时咨询当地税务机关或专业税务顾问以获得最准确的指导