改制企业在进行资产评估时，如果出现损失，通常有以下处理方式：

原主体企业补足：

对于改制企业经营亏损导致的净资产减少，原主体企业有责任进行补足。

新公司股利补足：

新设立的公司可以使用以后年度国有股份应分得的股利来补足亏损。

国有资产评估有效期：

资产评估结果是国有资本持有单位出资折股的依据，该评估结果自评估基准日起一年内有效。

净资产增加的处理：

如果在评估基准日至公司制企业设立登记日的有效期内，原企业实现了利润，导致净资产增加，那么这部分增加的净资产应当上缴给国有资本持有单位。或者，在国有资本持有单位同意的情况下，可以作为公司制企业的国家独享资本公积进行管理，留待以后年度扩股时转增国有股份。

这些措施旨在确保改制过程的顺利进行，并保护国有资本的权益不受资本结构变动的影响。