在评估公司资产时，如果相关方不配合，可以采取以下措施：

法院强制执行

如果被控告法院评估企业不配合，可以要求法院强制开门对房屋进行评估。

法院有权对唯一住房进行强制执行。

如果财产方面不配合，法院可以采取拍卖等手段换取资金，并且强制执行过程是强制的，无论当事人是否同意。

分清责任

在公司资产评估中，应明确责任归属，谁的责任谁承担。这有助于解决不配合评估的问题。

法律手段

对于不配合提供财务报表等评估资料的原持有人，可以通过法律手段要求其配合，否则可能面临法律后果。

引入审计和评估

如果帐目不够规范，需要先行引入审计，审计完成后再进行资产评估，以确保评估结果的准确性和公正性。

处罚措施

对于妨碍司法部门执行的个人或企业，法院可以给予处罚，例如罚款等。

沟通与协调

作为原告，应多于主审法官沟通，促使法院尽快采取措施对房屋进行评估，以便审判程序顺利进行。

第三方评估机构

如果公司不配合，可以考虑聘请独立的第三方评估机构进行资产评估，以确保评估结果的客观性和公正性。

综上所述，评估公司资产不配合时，可以通过法律手段、分清责任、引入审计和评估、处罚措施以及沟通与协调等多种方式解决问题。在实际操作中，建议根据具体情况选择合适的方法，并在必要时寻求专业法律人士的帮助。