审计财政专项资金需要从多个角度和方法入手，以确保资金使用的合规性和效益性。以下是一些具体的审计步骤和方法：

从政策制度出发，确定专项资金审计框架

深入了解专项资金：从资金的政策解读出发，理清资金使用目的。收集专项资金审计年度所涉及的国家和省市地方政策，从政策层面解读专项资金的使用目的、途径及最终需要达成的社会效益。

确认专项资金审计框架：专项资金的使用不能突破专项资金管理制度，包括资金类统一制度和专项资金管理制度。审计时需要深入调查了解并取得政策执行主体单位资金使用的管理制度，将其实际执行的细化标准与国家和省市地方的标准进行对比。

解读专项资金审计标准：从“细则”着手，详细审查暂存款科目，逐项落实形成时间，款项性质，检查单位的经费是否超支，是否存在挤占、挪用专项资金的情况。

采用资金来源汇总审计法

汇总资金记录：根据账面上对各块资金的记录情况进行汇总。

对照专门文件：将汇总的结果与对应的专门文件相对照，发现资金不落实、不到位、拨付不及时或虚假配套骗取国家财政资金的问题。

采用资金运动跟踪审计法

跟踪资金流向：以资金运动作为主线，资金流向哪里，审计就跟踪到到哪里。

审查资金拨付管理及使用情况：对照项目审批文件中规定的资金额度、用途、到位、管理、使用每个环节进行核对，确保资金按规定的比例及时足额到位。

把握全面监督与重点延伸的关系

点线面结合：财政审计掌握面上情况，选择重点进行延伸，或将线索移交其他审计组；部门审计、专项审计中循着资金流向进行局部检查。

建立数据库：形成重点资金周期“轮审”格局，对单项资金每年立项审计的做法不一定高效，相反可能造成套路化，周期“轮审”可以较好地解决这一问题。

分门别类探索专项资金审计方法

根据资金投向分类：如生态环保、城市建设等领域的专项资金多属公益性质，应以规范性检查为主，检查是否符合专项资金管理制度，投向是否满足要求，项目是否按规定程序建设等。

其他审计方法

弥补经费不足：详细审查暂存款科目，逐项落实形成时间，款项性质，检查单位的经费是否超支，是否存在挤占、挪用专项资金的情况。

结转下年、平衡预算：在预算执行审计和财政决算审计中，注重向被审计单位索取历年来结转下年支出的具体项目，结合对专项资金使用明细账、总账和财政决算报表的审计发现问题。

顺藤摸瓜法：通过对资金运动轨迹的跟踪，对每一笔资金的来龙去脉追查到底，沿着资金流向，资金到哪追到哪，涉及哪个单位查哪个单位，一直查到资金的最终用途。

调查法：适用于发现账外线索和核实发票审计，通过专业判断，认为被审计单位存在账外收支款项或支出票据中存在虚假发票，就要采取延伸调查的方法予以核实。

银行存款核对法：适用于专项资金审计，是发现专项资金转移、挪用最有效的方法。不仅要对余额未达账项进行核对，而且要对每一笔发生额进行核实，对不符的款项或虽然相符但认为有异常的款项，要进行延伸审计开户行和到对方单位进行核实，查清专项资金的具体使用用途。

分析性复核法：分析性复核是指审计人员对被审计单位重要的比率或趋势进行分析，主要目的是发现异常事件和数据，是审计人员进行综合判断的基础。对分析中发现的差异，特别是对异常变动进行调查，必要时要适当追加审计程序。

通过以上方法，审计人员可以全面、系统地审计财政专项资金，确保资金使用的合规性和效益性，从而保障国家财政的健康运行。