医科一本和二本的主要区别体现在以下几个方面：

教学质量和学校素质：

一本学校的老师在学历和经验上相对更好，校园中的教学设施更全、更优质。一本学校的学生在就业方面通常更具优势，学习氛围和学习环境也更好。二本院校在教学资源和一些国家优待性政策方面相对较少。

学习氛围和环境：

一本院校的学习氛围和学习环境相对较好，而二本院校的学生可能会面临更多的学习资源不足的问题。

保研和考研：

一本院校的保研名额较多，保研的可能性更大；而二本院校的保研名额较少，学生通常需要通过考研来继续深造。

学制：

在临床医学专业，一本院校的临床医学通常是七年制本硕博连读，而二本院校的临床医学一般为五年制。七年制本硕博连读的优势在于学业完成后直接获得博士学位。

录取分数线：

一本院校的录取分数线通常较高，而二本院校的录取分数线较低。例如，安徽医科大学在内蒙古的录取分数线，一本为503.3分，二本为457.7分。

社会认可度：

一本院校的医学学术毕业证在社会上的认可度通常高于二本院校。

附属医院水平：

一本院校的附属医院通常解决更高级别的疾病，见识更广泛，对后期临床工作的影响相对较小。

招生批次：

一本和二本在招生批次上有所不同，一本专业通常在第一批次录取，而二本专业在第二批次录取。

总的来说，一本和二本医学院校在教学质量、学习环境、保研考研机会、学制、录取分数线、社会认可度以及附属医院水平等方面都存在明显的差异。选择医学院校时，这些差异值得考生和家长仔细考虑。