对秘项目工程进行审计的方法主要包括以下几种：

跟踪审计

审计人员需要经常深入施工现场，掌握现场的各种情况，并做好工程记录，特别是隐蔽工程的记录。

对隐蔽工程的各道工序和各种材料的领用情况详细记录，必要时采用现场拍摄方式记录工程的施工情况。

隐蔽工程验收时，审计人员要与监理、建设等单位一起参加验收，确保施工单位不得将其掩盖，进行下一工序施工。

跟踪审计不仅可以对隐蔽工程的资金实时监控，避免施工单位虚报冒领，还能发现隐蔽工程施工中存在的质量隐患，并及时采取措施排除。

重点材料用量对比法

当审计人员无法进行跟踪审计时，可以通过选取重点部位工程，对施工单位资金成本、材料用量与工程结算进行对比，来发现施工单位是否存在偷工减料、虚报冒领的现象。

例如，在某铁路工程审计中，发现该工程采用粉喷桩提高地基承载力，工程量大，是隐蔽工程，施工单位容易偷工减料，对铁路工程的质量有很大影响。

现场抽查检验

对实体质量和相关管理措施进行现场抽查，关注工程质量、安全和进度内部管理制度的建立健全情况。

审计人员要了解建设项目管理体系的建立情况，包括组织结构、人员配置、管理文化、沟通机制等。

技术经济审查、项目过程管理审查与财务审计相结合

审查项目投资程序执行情况，包括项目立项报告内容是否真实、完整、科学，施工企业、设备供应等单位的资质等级、资信能力、技术服务是否符合要求，财务状况是否良好。

审查建设资金的筹措与保障情况，包括资金来源、出资比例、时间、付款方式，以及初步设计及概算的内容是否齐全、编制依据是否适用、费用计算是否合规、准确。

事前审计、事中审计和事后审计相结合

事前审计主要审查项目建议书批复文件及其附件、其他有关批复文件等资料，审查项目建议书的真实性、资金来源和筹措的充分性。

事中审计主要围绕成本效益情况，通过事中监督发现并纠正施工管理中存在的问题，及时堵塞漏洞，降低成本，提高效益。

事后审计主要对工程结算、会计核算进行审计，确保工程价款收入支出真实，工程结算符合规定，验工计价及时，手续资料完备，无拖欠工程款现象，成本核算符合会计制度。

与项目各专业管理部门密切协调、合作参与

审计人员要注意与项目各专业管理部门的协调和合作，确保审计工作顺利进行，并获取充分、准确的审计资料。

通过以上方法，可以对秘项目工程进行全面、深入的审计，确保工程质量和资金安全，防止偷工减料和虚报冒领等行为的发生。