税务稽查主要通过以下四个环节进行：

选案环节

稽查选案分为人工选案、计算机选案、举报和其他等。选案部门对企业信息进行分析后选出案源，加上上级下达、外部门协查、举报以及注销税务登记等各类案件下达给检查部门检查。

检查环节

税务稽查的检查工作是根据选案所确定的稽查对象，组织稽查人员实施检查，采取必要的方法、措施和手段，收集案件的证人、证言，原始书证材料，整理制作《税务稽查报告》并直接将案件移送审理的活动过程。检查不一定是要调账检查，调账检查要进行行政审批手续，还可以选择实地检查，以实际情况为准。检查部门检查完毕后，将证据以及各项资料形成案卷提交给审理部门。

审理环节

审理部门根据案卷提供的信息对案卷进行审理，看证据取得是否合法规范、各种程序是否合法规范、是否同意检查人员的拟处理意见，最终形成结论性文书，符合规范的提交至案件执行部门，不符合规范的退回检查环节继续调查取证。

执行环节

执行部门根据结论性文书同企业联系并送达文书，要求被查单位进行补缴税款、滞纳金、罚款等事宜，执行完毕后形成执行报告，并将缴款凭证复印件等资料交给案卷管理人员，案卷管理人员将整理稽查案卷并将案卷入库保管。

税务稽查的主要检查内容如下：

申报情况：检查税收申报是否真实、准确，有无少报或多报的情况。

账簿凭证：审查财务账簿、凭证是否规范、完整。

资金流向：了解资金流动情况，查看是否有不符合规定的资金往来。

发票管理：检查发票是否合规，有无非法购买或使用假发票的情况。

税收优惠：核实是否符合享受的税收优惠政策，有无滥用或虚报的情况。

收入申报：核查企业是否如实申报全部应税收入，包括销售收入、劳务收入、租金收入、利息收入等，有无隐匿、少报或延迟申报收入的情况。

扣除项目申报：检查企业申报的成本、费用、损失等扣除项目是否真实、合法、有效，有无虚增成本、多列费用、虚报损失等。

税款计算与申报缴纳：审查企业各项税款的计算是否准确，适用税率是否正确，是否按时足额申报缴纳税款，有无偷税、漏税、欠税等行为。

发票真实性与合规性：对发票的开具、取得、使用和保管进行严格审查，核实企业开具的发票内容是否真实，是否存在虚开发票行为，检查企业取得的发票是否合规。

财务制度执行：查看企业是否按照国家统一的会计制度和财务准则进行账务处理，会计核算是否准确，财务报表是否真实、完整地反映企业的财务状况和经营成果。

税务稽查的具体方法包括：

税务查账：对纳税人的会计凭证、账簿、会计报表以及银行存款账户等核算资料所反映的纳税情况进行的检查。

实地调查：对纳税人账外情况进行的现场调查。

税务稽查：对纳税人的应税货物进行的检查，发现逃避纳税义务行为时，可采取税收保全措施或强制执行措施。

企业在面对税务稽查时，应积极配合税务机关的工作，提供真实、完整的财务资料，确保税务合规，避免因税务问题而产生不必要的法律后果。