不良资产评估的难点主要包括以下几个方面：

债权评估的核心是企业的偿债能力 ，这需要评估人员对企业及其关联方的资产和经营状况进行深入了解，同时考虑政府意愿、社会稳定、职工安置、还款意愿等多种复杂因素。

债权评估以对企业占有资产评估为基础，往往不能得到债务人配合，难以取得评估的基本资料。此外，大量“三无”企业、注销吊销企业等没有基本的评估资料，也难以实施评估。

不良资产包内资产可获得信息量小，信息质量差。资产管理公司打包收购的不良资产包往往不能获得充足的评估所需信息，导致评估中的客观依据不充分，评估值和处置结果有较大出入。

不良资产包内资产数量浮动较大，从银行收购的不良资产包有大有小，资产数量的浮动使得很多需要借助数据量来使包内每个单项资产产生的误差相互抵消的估值方法不能适用于所有情况。

不良资产市场不成熟，历史数据中存在不可靠数据，这使得评估人员难以获取准确的历史数据作为参考。

不良资产有资产的属性，但其价值会在交易过程中发生两次背离：

一是内在价值与评估价值的背离；二是评估价值与市场价格的背离。这使得最后的交易价格未必与其内在价值符合，普遍存在低估或者高估的现象。

信息衰减，随着资产包处置时间的拉长和一次次被动的转让，有用信息的数量和质量都会衰减，重新收集和整理这些信息要么在技术上不可行，要么在经济上不可行。

量化指标少，债权估值涉及大量无法定量、量化的因素，如债务人还款意愿、相关关联方的态度、行政干预、政策导向、法院执法力度、处置队伍专业能力等。

长尾效应，不良资产包中分布着大量低价值或无价值的资产，这些资产在整体资产包中占比较大，拉低了整体评估价值。

会计信息失真严重，企业在审计过程中可能提供多套不同的会计报表，导致会计信息失去可靠性，影响审计结果。

资产界定受制约，审计过程中需要其他部门的配合协作，但由于条件限制，界定有些资产是否优良存在不确定性。

缺乏政策依据，现今会计政策不完善，不良资产无法进行稳健的会计处理，导致不良资产逐渐累积，审计不良资产过程中由于缺乏政策依据导致合法性受到质疑。

清算价格法的运用主观性判定过多，评估人员在运用清算价格法时，折扣率随意性大，评估师的主观判定多于理性判定，使评估失去意义。

债权类资产评估方法在理论及实践上均有缺陷，无法满足金融资产管理公司日常的、大量的需求。

综上所述，不良资产评估的难点主要集中在信息获取、评估方法、市场环境、政策制约等多方面，需要综合考虑各种因素，采用科学、合理的方法进行评估。