医保由税务局扣款的原因主要涉及以下几个方面：

社保缴费制度改革

自2020年1月1日起，我国进行了社保缴费制度的改革，原本由社保机构征收的城乡居民养老保险、城乡居民医疗保险（含城镇居民医疗保险和新农保）、城镇职工灵活就业人员社保以及城镇职工机关事业单位的社保缴费，统一改由税务机构征收。

统一征收与管理

医保资金由税务部门征收与管理，有利于全国医保资金的统筹、调配与统一使用。这有助于提升老少边远和经济不发达地区的医疗条件，并防止滥收费、营私舞弊的现象。

便民与效率

将医保费用统一交给税务部门征收，可以简化征收流程，提高征收效率，减少重复劳动和资源浪费。同时，这也有助于实现医保全国统筹，方便跨省看病、住院和报销。

法律依据

根据《中华人民共和国税收征收管理法》，税务机关负责征收各种税收，包括社会保险费。因此，医保费用作为社保费用的一部分，由税务部门征收是符合法律规定的。

优化职能配置

将社保费交由税务局征收，是按照加强税费管理、强化征缴手段、节约行政成本、优化职能配置的要求实施的。这有助于提高政府服务效率，减少部门间的职责交叉和资源浪费。

综上所述，医保由税务局扣款是社保缴费制度改革、统一征收与管理、便民与效率、法律依据以及优化职能配置等多方面因素共同作用的结果。