当公司账目不清时，审计工作应遵循以下步骤和方法：

调整内部审计机构

适时调整内部审计机构的人员组成，定期研究、考核、部署，为内部财务审计创造良好的工作环境，调动内审人员的积极性，及时解决工作中遇到的问题。

完善内部审计工作制度

摒除对立观念，树立和谐的服务观，加强沟通。在具体的内部财务审计工作中，要对审计中发现的问题要在彻底弄清事实的基础上，分析问题产生的原因和后果，找出妥善的解决办法。

财务清账流程

核对银行账户存款：仔细比对银行对账单与企业财务账面记录，确保两者完全相符。如发现任何差异，立即追溯原因，并进行必要的账目调整。

库存现金盘点：实地盘点库存现金，并与账面余额进行核对。对于不符的情况，进行深入调查，并执行相应的账务调节处理。

存货全面盘点：对公司存货进行全面大盘点，确保账面记录与实际存货数量一致。针对任何差异，查明原因，并据此调整账目。

固定资产盘点：与设备管理人员合作，共同盘点公司固定资产。核对账面记录与实际资产是否一致，并建立详细的固定资产小卡片以加强管理。

应收账款核对：与客户进行应收账款的核对，确保双方记录一致。核对销售合同、报价单等相关单据，对于发现的任何差异，编制“往来款项清查表”进行账目调整。

税务核查：仔细核查税务系统的纳税申报情况，确保公司税务记录的真实性和准确性。杜绝假账、乱账或错账的存在，确保公司税务合规。

审计查账方法

收集发票和收据存根联：检查号码是否连续，有无缺号、缺页以及作废的发票和收据存根联的合计数同入账数进行核对，看是否符合。

核对收款人和交款人单据：相互核对，挤出差额，追去向。

笔数、金额相核对：挤差额追去向。

收集人证与其他资料：进行核对。

账实核对：然后进行综合分析，实事求是地加以判断。

其他辅助措施

规范记账流程：使用公司账APP等工具，确保每一笔账都能准确、及时地记录，避免遗漏和错误。

账目分类优化：根据公司的业务特点和财务需求，合理设置科目，使账目结构更加清晰，便于查询和分析。

通过以上步骤和方法，可以全面、系统地对公司账目进行审计，确保账目的真实性和准确性，并找出问题所在，提出有效的解决方案。