公司害怕税务稽查的原因主要有以下几点：

企业本身存在税务违法：

有些企业为了减少税款，可能会采取一些违法手段，如少计收入、虚开发票等。一旦被税务稽查发现，不仅需要补缴税款，还可能需要支付滞纳金和罚款。

税法掌握不到位：

有些企业可能由于对税法理解不全面或存在误解，导致实际缴纳税款少于应缴税款。即使没有故意偷税，也可能因为会计处理或税收政策理解错误而少缴税款，从而担心税务检查。

配合税务检查的成本高：

税务机关在进行检查时，企业需要投入人力、物力和时间配合，如提供账簿资料、接受现场询问等。这些都会给企业带来额外的麻烦和成本。

担心被认定为偷税：

即使企业没有偷税动机，也可能因为会计核算或税收政策理解有误而少缴税款。税务稽查过程中，一旦发现问题，企业可能会被认定为偷税，从而面临严重的法律后果。

账务不规范：

许多企业在日常经营中可能存在账务不规范的问题，如白条入账、现金收入不入账、偷漏税行为等。这些问题在税务稽查中很容易被查处，从而给企业带来麻烦。

内部管理和监督不足：

一些企业的财务管理和监督不够严格，导致各部门在处理财务事务时存在疏漏，最终可能影响到企业的税务合规性。

综上所述，企业害怕税务稽查主要是因为担心被发现税务违法、需要承担法律责任和额外成本，以及内部管理和监督不足。为了避免这些问题，企业应加强内部税务合规管理，确保依法纳税，并积极学习和掌握相关税法知识。