公司审计查员工回扣的方法主要包括以下几点：

书证检查

审查相关的合同、发票、报销单据等书面材料，寻找不合规的情况。这些文件可能包含与回扣相关的信息，如异常的金额、频繁的报销行为等。

数据分析

对员工的报销数据、采购数据等进行详细分析，查找异常金额和频繁报销的行为。通过数据对比和趋势分析，可以发现潜在的回扣行为。

审计调查

进行内部审计，特别是针对高风险的采购和报销环节，进行细致的审计调查。通过深入调查，可以发现不寻常的交易模式和行为。

实时监控

通过监控系统，对员工与供应商、客户的交往过程进行实时监控，发现可疑行为。监控可以包括邮件、短信、微信等通信记录，以及会议记录、工作日志等。

科技手段监管

引入先进的监管软件，如安企神、域智盾等，进行全面监管，实时跟踪和记录员工的工作行为。通过日志审计，追踪与供应商、客户相关的支付、折扣、返点等环节，发现异常操作。

明确目标

通过观察法、举报法等方式明确目标，观察员工的衣食住行是否与其工资收入相符，以及通过举报信息进行分析判断。

审批流程控制

完善监督机制，通过自动化审批规则和权限控制，确保审批流程透明且不可篡改。多级审批和限制个人审批权限，减少员工单独操作和获取回扣的机会。

证据收集

收集财务交易记录、通信记录、证人证言、合同与协议等证据，这些证据对于证实回扣行为具有重要参考价值。

通过上述方法，公司审计可以有效地查找和证实员工回扣行为，从而保护公司的利益和合规性。建议公司定期进行审计，并结合多种手段进行综合判断，以确保审计结果的准确性和可靠性。